Berawal dari keprihatinan akan kondisi generasi muda yang semakin tergerus oleh arus modernisasi, KH. Mustopa Mughni, M.A., seorang ulama yang visioner, mendirikan Pondok Pesantren Modern Perpaduan Daarul Mughni Al-Maaliki. Pada pertengahan Juli 1999, beliau membeli sebidang tanah di Desa Cikahuripan, Kecamatan Klapanunggal, Kabupaten Bogor, Jawa Barat, sebagai langkah awal mewujudkan cita-citanya untuk membangun sebuah lembaga pendidikan Islam yang berkualitas. Tanah tersebut dibeli dengan cara dicicil, menunjukkan kesungguhan dan pengorbanan beliau dalam merintis pesantren ini.

Perjalanan pengembangan Pondok Pesantren Daarul Mughni dimulai dengan peletakan batu pertama oleh KH. Syukron Ma’mun pada tanggal 17 Rajab 1421 H, bertepatan dengan 12 Oktober 2000 M. Momen bersejarah ini menandai dimulainya perjalanan panjang pesantren dalam mencerdaskan generasi muda Muslim. Pada awal berdirinya, pesantren ini menampung sekitar 38 santri yang penuh semangat menimba ilmu agama.

Berkah Nama “Al-Maaliki”

Seiring berjalannya waktu, Pondok Pesantren Daarul Mughni terus berkembang dan mendapatkan keberkahan. Pada bulan April 2008, pesantren ini mendapatkan kunjungan istimewa dari Sayyid Abbas bin Alwi Al-Maaliki Al-Hasani, Zahrotuss Syarifain Makkah Al Mukarromah. Dalam kunjungan tersebut, beliau memberikan nama “Al-Maaliki” sebagai tambahan nama pesantren, sekaligus menjadi musyrif (penanggung jawab). Penambahan nama “Al-Maaliki” ini tidak hanya menandai hubungan khusus dengan Sayyid Abbas, tetapi juga menegaskan komitmen pesantren dalam mempelajari dan melestarikan tradisi keilmuan ulama-ulama Al-Maali